Окончил Омскую среднюю школу № 55 (1959), историко-филологический факультет Омского педагогического института им. А. М. Горького (1964). Ассистент кафедры философии Омского педагогического института (1964-1966), старший преподаватель кафедры истории СССР (1966-1971). Заведующий кафедрой отечественной истории (с 1984), декан исторического факультета Омского государственного педагогического университета (1972-1984 и с 1996). Доктор исторических наук (1988), профессор (1990). Председатель диссертационного совета по отечественной истории. Сфера научных интересов В. Н. Худякова – история крестьянства Сибири в XIX в., аграрная политика царского правительства в Сибири в пореформенный период, отечественная историография. Автор более 70 научных публикаций, в том числе книги «Аграрная политика царизма в Сибири в пореформенный период» (Томск, 1986). Заслуженный работник высшей школы РФ (2002).

Библиогр.: Вибе П. П. Худяков Виктор Николаевич // Омский историко-краеведческий словарь / П. П. Вибе, А. П. Михеев, Н. М. Пугачева. – М., 1994. – С. 289-290; Худяков Виктор Николаевич // Современная историческая наука Западной Сибири в лицах. Историки Омска: биобиблиогр. словарь / В. П. Корзун, О. В. Кузнецова, Б. А. Осадченко. – Омск, 1999. – С. 245-247. Бударин М. Е. На стремнине жизни: (О Викторе Николаевиче Худякове, и не только о нем. Заметки старого учителя) // Проблемы историографии и истории: – Омск, 2002. – С. 4-14; Виськин Ю. «Мы будем иметь новую историческую науку» // Ом. время. – 2002. – 12 сент. – С. 7: ил.; Худяков Виктор Николаевич // Энциклопедия Омской области. – Омск, 2010. – Т. 2. – С. 496.