Родился в семье крестьянина-бедняка. В источниках имеются разночтения по поводу места рождения (д. Ладыгина и с. Ладыкино Московской губернии, в биографической справке о С. С. Кондратьеве в «Омской правде» за 1934 г. местом рождения указана Калужская губерния). Окончил уездное училище и шесть классов гимназии. После смерти отца (1910) батрачил, затем работал на предприятиях Петрограда. Участвовал в Первой мировой войне (1914-1917), в 1916 г. произведен в унтер-офицеры кавалерии. Член РКП (б) с 1918 г. В 1918-1920 гг. служил в Красной Армии, был командиром красногвардейского отряда, командиром эскадрона, военкомом бригады. В 1921-1922 гг. – секретарь Новохоперского укома РКП (б), в 1922-1924 гг. – инструктор Воронежского губкома РКП (б), Юго-Восточного бюро ЦК РКП(б), в 1924-1927 гг. – секретарь Майкопского окружкома ВКП(б). В 1928-1930 гг. – слушатель курсов при ЦК ВКП (б). После окончания курсов заведовал Смоленским облземуправлением (1930-1932), работал в наркомате земледелия (1932-1934). В начале 1930-х гг. происходили очередные преобразования в административном устройстве страны. Постановлением ВЦИК от 7 декабря 1934 г. была создана Омская область, которая занимала гигантскую территорию от Казахстана до Ледовитого океана. Для формирования новой области правительство страны создало оргкомитет, председателем которого был назначен С. С. Кондратьев, он же стал первым председателем Омского облисполкома. Занимался формированием управленческого аппарата области, производственной специализацией районов, коллективизацией. Как первый председатель облисполкома получал тысячи жалоб от населения на беззаконие и произвол в условиях все нараставших репрессий. Пленум Омского обкома ВКП (б) 12 июля 1937 г. утвердил решение бюро «О снятии с должности председателя облисполкома Кондратьева С. С. за связь с арестованными врагами народа как незаслуживающего доверия». Арестован 21 августа 1937 г., следствие продолжалось до 1939 г. Военный трибунал СибВО 23 ноября 1939 г. вынужден был освободить С. С. Кондратьева из-за недоказанности обвинения. В 1942 г. вновь арестован и расстрелян. Реабилитирован в сентябре 1956 г.     

Библиогр.: Биография тов. С. С. Кондратьева // Ом. правда. – 1934. – 20 дек.: портр.; Шихатов И. Советские «губернаторы» Омской области // Моск. комсомолец в Омске. – 2000. – 23-30 марта (№ 13). – С. 16: портр. – (Омск в «Моск. Комсомольце»); Шихатов И. П. Сергей Сергеевич Кондратьев // Губернаторская галерея: генерал-губернаторы Зап. Сибири и Степ. края, 1819-1917,  пред. Ом. обл. исполкома, 1917-1989 / И. П. Шихатов. – Омск, 2000. – С. 36, 137-138: портр.; Самосудов В. Первый председатель // Забвению не подлежит: кн. памяти жертв полит. репрессий Ом. обл. – Омск, 2001. – Т. 4. – 406-409: портр.; Кондратьев Сергей Сергеевич // Энциклопедия Омской области. – Омск, 2010. – Т. 1. – С. 490.