Учреждение основано в 1921 г. как Омский бактериологический институт по распоряжению Сибирского отдела здравоохранения. В эти годы существовала острая необходимость обеспечения населения Сибири лечебными и профилактическими препаратами против оспы, бешенства и других опасных инфекций. В структуру института входили бактериологический, вакцинный и оспенный отделы, Пастеровская станция. Первым директором института был профессор В. С. Веселов.
В конце 1923 г. Омский бактериологический институт выпустил первую продукцию – оспенный детрит, а затем приступил к изготовлению тифопаратифозной и скарлатинозной вакцин. В 1928 г. институт реорганизован в санитарно-бактериологический, в 1930 г. переименован во 2-й Краевой Западно-Сибирский санитарно-бактериологический институт, а в 1935 – в институт эпидемиологии и микробиологии. В годы Великой Отечественной войны значительно расширилось производство бактерийных и сывороточных препаратов для обеспечения фронта и тыла. В послевоенный период сотрудники института занялись изучением природно-очаговых инфекций, в результате чего была открыта новая инфекция – омская геморрагическая лихорадка (ОГЛ). В 1960 г. институт переименован в Омский НИИ природно-очаговых инфекций Минздрава РСФСР и утвержден головным научно-исследовательским учреждением в РСФСР по проблеме «Природно-очаговые болезни человека». В 1989 г. в структуре Омского НИИПИ организован Сибирский окружной центр по профилактике и борьбе со СПИДом. Научными сотрудниками института проведены масштабные исследования по проблеме клещевого энцефалита, ОГЛ, других арбовирусных инфекций, изучению роли перелетных птиц в трансконтинентальном переносе арбовирусов, а позднее и в экологии вирусов гриппа. Наиболее значительных достижений ученые института добились в изучении клещевого энцефалита, которые отражены в диссертациях, монографиях, многочисленных статьях, нормативных и методических документах, патентах на изобретения. Разработки сотрудников НИИ нашли широкое практическое применение в лабораторной диагностике, лечении, профилактике КЭ и эпидемиологическом надзоре. Высоких результатов добились омские ученые в генотипировании риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки. В этой области институт занимает лидирующее место в России. Разработана серия методических указаний и рекомендаций по клещевому риккетсиозу и паразитарным болезням. Выполнены приоритетные исследования по обнаружению и выяснению эпидемиологического значения сочетанных природных очагов инфекций и инвазий. Сотрудники института сотрудничают с учеными профильных лабораторий Института вирусологии им. Д. И. Ивановского РАМН, Института медицинской паразитологии и тропической медицины им. Е. И. Марциновского Минздрава РФ и др.

Библиогр.: Омский научно-исследовательский институт природно-очаговых инфекций: [проспект]. – Омск, 1981. – 23 с.; Таскаев И. И. К истории НИИ природно-очаговых инфекций // Профессор Л. М. Маслов (у истоков экологической безопасности Сибири) / И. И Таскаев – Омск, 2006. – С. 124-132; Деятельность Омского НИИ природно-очаговых инфекций в системе государственной санитарно-эпидемиологической службы // О времени и о людях: служба госсанэпидемнадзора в Ом. обл. – Омск, 2002. – С. 115-120; Матущенко А. А. Вклад Омского научно-исследовательского института природно-очаговых инфекций в обеспечение эпидемиологического благополучия населения Сибири за 80 лет деятельности // Природно-очаговые болезни человека: респ. сб. – Омск, 2001. – С. 3-9; Баранец Н. Жизнь без эпидемий // Ом. вестн. – 1996. – 9 окт.;  ФГУН ОмскНИИПОИ Роспотребнадзора [Электронный ресурс]. – [Омск, 2010]. – Режим доступа: http://oniipi.org/official?opt=history.