Окончил Сибирскую военную гимназию (1880), Николаевское инженерное училище (1883), Николаевскую инженерную академию в Санкт-Петербурге (1890). Военный инженер. В 1890 г. возвратился в Омск для службы в Омской инженерной дистанции, начальник дистанции (1895-1898). Во время строительства Великого Сибирского пути возглавлял изыскательскую партию через Алтайский горный хребет (1894). С 1895 по 1901 гг. – омский городской архитектор. Принимал участие в сооружении Успенского кафедрального собора, здания Омской городской думы. Автор проекта здания Омской казенной палаты и губернского казначейства, домовой церкви учительский семинарии. Начальник Семипалатинской инженерной дистанции (1901-1914). Построил ряд зданий в Павлодаре, Семипалатинске, Зайсане. Служил в Московском инженерном управлении (1914-1917), исполнял обязанности окружного инженера  Приамурского округа в Хабаровске (1917-1918). В 1918 г. вышел в отставку. В 1918-1919 гг. по призыву Сибирского правительства служил в Сибирском главном инженерном управлении. После 1919 г. остался в Омске. Начальник инженерно-технического и лесозаготовительного отделов Управления начальника инженеров Сибири (1919-1920). Преподавал инженерное дело в Высшей военно-педагогической школе Сибири (1921-1922), строительную механику, математику, технологию скульптурных материалов на архитектурном отделении Омского художественно-промышленного техникума
им. М. А. Врубеля (1923-1930). В июле 1937 г. был арестован по сфабрикованному делу об офицерской повстанческой организации и
28 октября расстрелян. Реабилитирован 29 ноября 1956 г.

Библиогр.: Вараксин Николай Евгеньевич // Поэзия знакомого ландшафта. – Омск, 2000. – С. 224-225; [Вараксин Н. Е.] // Знаменательные и памятные даты Омского Прииртышья, 2007. – Омск, 2006. – С. 46; То же: [Электронный ресурс]. – Режим доступа: http://www.lib.okno.ru/kalendar/2007/ispol2007.htm. – 29.06.2011; Волков С. В. Вараксин Николай Евгеньевич // Генералитет Российской империи: энцикл. слов. /
С. В. Волков. – М., 2009. – Т. 1. – С. 229; Симонов Д. Г. Вараксин Николай Евгеньевич // Белая Сибирская армия в 1918 году / Д. Г. Симонов. – Новосибирск, 2010. – С. 418; Вараксин Николай Евгеньевич // Энциклопедия Омской области. – Омск, 2010. – Т. 2. – С. 546.